生科必备软件Chromas

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Chromas是一款主要用来查看和编辑DNA的峰形图,支持ab1、scf以及ztr格式的图谱文件,并支持自动删除低质量序列(当质量数据可用时)或矢量序列;以纯文本,FASTA,FASTQ,EMBL,GenBank或GCG格式导出序列,或使用基本编号格式化以进行演示;将序列以纯文本,FASTA或FASTQ格式复制到剪贴板,以粘贴到其他应用程序中;反转和补充序列和色谱图;通过精确匹配或最佳对齐搜索子序列等功能。

日常伴随着测序结果,会有一个峰图,如果是单一样本的情况,峰图可以作为测序质量的检查。但有多个样本的时候,峰图就会出现多峰的情况,可以通过人工分析,判断不同样品的序列。尤其在研究杂合子、敲除的时候起到作用。

Chromas主要功能

1、从Applied Biosystems DNA测序仪打开.ab1色谱图文件。
2、打开由其他序列发生器创建或从数据库检索的SCF和ZTR格式色谱图文件。
3、保存为.scf或Applied Biosystems .ab1格式。
4、打印色谱图,其中包含缩放或适合一页的选项。
5、自动删除低质量序列(当质量数据可用时)或矢量序列。
6、以纯文本,FASTA,FASTQ,EMBL,GenBank或GCG格式导出序列,或使用基本编号格式化以进行演示。
7、将序列以纯文本,FASTA或FASTQ格式复制到剪贴板,以粘贴到其他应用程序中。
8、反转和补充序列和色谱图。
9、通过精确匹配或最佳对齐搜索子序列。
10、显示3帧中的翻译以及序列。
11、复制色谱图部分的图像以粘贴到文档或演示文稿中。
12、批处理,包括格式转换,带矢量删除的序列导出,批量打印和原始数据的批量导出。
13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP组件增强.ab1文件,以提高峰值可读性并提取更多高质量的基础。

图片[1]-生科必备软件Chromas-叨客学习资料网

 

下载地址

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