miRNA分析网站——OncomiR—科研工具箱

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今天我们来介绍一个功能强大的网站Oncomir:http://www.oncomir.org/

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_2_20171023095611567

这是我们Oncomir的主页,下面我们来看网站的功能。

在数据库的左侧是不同的功能选项,我们看到首先是:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_3_20171023095612333

1. Search by miRNA: 根据miRNA进行搜索;

2. Search by Cancer Type:根据肿瘤类型进行搜索;

3. Search for miRNA-targetcorrelation:搜索miRNA和靶基因的相关性;

4. Survival SignatureAnalysis:生存分析;

5. Clustering Analysis:聚类分析。

第一个:根据miRNA进行搜索

1) TumorDevelopment:查询某条miRNA在肿瘤组和对照组是否表达异常:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_4_20171023095612583

以案例的miRNA hsa-miR-92a-3p为例,单击Retrieve cancer types:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_5_20171023095612849

结果显示hsa-miR-92a-3p在14个肿瘤里面显著表达异常。

2)TumorStage and Grade:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_6_20171023095613286

还是hsa-miR-92a-3p,所有肿瘤:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_7_20171023095613552

就可以看到miRNA在不同肿瘤里面的情况,比如与BRCA乳腺癌N、T和分级相关。

3) Survival Outcome:生存状态

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_8_2017102309561436

这是结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_9_20171023095614302

四个肿瘤里面的数据。

4) ExpressionProfile:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_10_20171023095614724

我们选择所有肿瘤:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_11_201710230956155

miRNA在所有肿瘤里面的表达数据。

第二个:根据肿瘤类型进行搜索。

1)TumorDevelopment,选择所有肿瘤:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_12_20171023095615380

结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_13_20171023095615692

在各个肿瘤里面共有6182条miRNA表达差异(与正常相比),大家在做课题前就可以直接查询选miRNA了。

2)TumorStage and Grade。我们选择所有肿瘤的M分期:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_14_2017102309561636

结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_15_20171023095616317

这样我们是不是就可以找到与转移相关的miRNA了?

3)SurvivalOutcome:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_16_20171023095616802

结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_17_201710230956169583820条miRNA在各肿瘤患者不同生存状态中的显著差异。

4) ExpressionProfile:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_18_20171023095617318

所有的miRNA在所有收录的肿瘤里面表达:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_19_20171023095617536

也可以自己提交名单:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_20_20171023095617989

结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_21_20171023095618271

第三个:搜索miRNA和靶基因的相关性。

1) Searchby miRNA:根据miRNA搜索。

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_22_20171023095618411

结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_23_20171023095618630

不仅有基因名字,还有靶基因表达与miRNA表达的相关性等数据。

2)Search byGene:根据基因搜索:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_24_20171023095618989

同样也可以实现:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_25_20171023095619130

第四个:生存分析。

1)Pre-calculatedsignatures:预计算的指标。

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_26_20171023095619427

我们选择肺腺癌,经过计算的miRNA表达与生存之间的关系:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_27_20171023095619583

大家可以直接看到风险公式里面各miRNA前面的权重数值:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_28_20171023095619896

2)Customsignatures:自定义miRNA。

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_29_2017102309562036

输入我们的miRNA和权重数值,不输入权重数值会直接默认计算好的指标:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_30_20171023095620302

这里大家可以直接通过多条miRNA的表达组合来对患者预后进行指征。

第五个功能:聚类分析。

有了miRNA在各肿瘤的表达后,我们可以对输入的miRNA进行分层聚类:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_31_20171023095620630

结果:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_32_20171023095620989

也可以对所有的miRNA进行分层聚类:

http://image109.360doc.com/DownloadImg/2017/10/2309/114233422_33_20171023095621318

好了,这个网站的功能就介绍到这里了,大家使用的时候推荐chrome浏览器。

另外,吃水不忘挖井人,原文:OncomiR: An onlineresource for exploring pan-cancer microRNAdysregulation.Bioinformatics. 2017 Oct 3. doi:10.1093/bioinformatics/btx627.记得引用。

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