PrognoScan——GEO数据集生存分析工具—科研工具箱

生存分析是非常重要的表型，诸多文章均有介绍。   其中，最权威的是生存分析数据库是Kaplan-Meier (KM) Plotter（http://kmplot.com/analysis/），能够评估21种肿瘤中54000个基因对生存率的影响。数据库中研究最多的肿瘤数据集包括乳腺癌（6234例）、卵巢癌（2190例）、肺癌（3452例）和胃癌（1440例）。miRNA系统包括20种不同肿瘤类型的11000个样本。该系统包括基因芯片和RNA-seq来源的数据，数据库包括GEO、EGA和TCGA，基于荟萃分析（meta-analysis）发现和评估生存标记物的价值。

此外，PrognoScan是生存分析信息最全面的数据库，主要数据来源是GEO，结果中均含有GSE序列号，网址：http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html。

PrognoScan页面相对简单，操作也不复杂。PrognoScan分析生存率，登录官网，在对话框中输入基因名称，点击submit。关键是数据的整理。

然后出现下表。点击cox p value一栏，使得数据按照cox p从小到大的顺序排列，以获得具有显著差异的生存分析数据。

根据肿瘤类型，cox p value的结果，点击探针Probe ID（蓝色划线，可以点击进去）。出现类似下图结果，可以下载，文章需要的是kaplan-Meier plot数据。截图后在PPT中标注相应信息即可，非常简单。

但是PrognoScan数据库的优势在于数据来源，是GEO而不是TCGA，因为TCGA的生存分析工具已经非常多。