pubmed数据挖掘：RISmed包—科研工具箱

今天浏览简书文章找到一个特别好用的工具RISmed包,参考信息：
https://www.jianshu.com/p/1544070a95e1
https://mp.weixin.qq.com/s/M07PmoTA2IOvI1cn1C_fGQ
来看一下，自己关注的研究领域近10年的研究情况

rm(list = ls())
 options(stringsAsFactors = F)
 library(RISmed)
 限定下检索主题
 search_topic <- c(\'PAH-CHD\')
 search_query <- EUtilsSummary(search_topic,db=\"pubmed\", retmax=10000,datetype=\'pdat\', mindate=2010, maxdate=2020)
 查查看下检索内容
 summary(search_query)
 看下这些文献的Id
 QueryId(search_query)
 获取检索结果
 records<- EUtilsGet(search_query)
 class(records)
 str(records)
 提取检索结果
 pubmed_data <- data.frame(\'Title\'=ArticleTitle(records),
                           \'Year\'=YearAccepted(records),
                           \'journal\'=ISOAbbreviation(records))
 head(pubmed_data,1)
 pubmed_data[1:3,1]
 write.csv(pubmed_data,file=\'PAH-CHD.csv\')
 分析文章情况
 y <- YearPubmed(EUtilsGet(search_query))
 可视化一下
 library(ggplot2)
 date()
 count <- table(y)
 count <- as.data.frame(count)
 names(count)<-c(\"Year\", \"Counts\")
 library(RColorBrewer)
 library(ggsci)
 ggplot(data=count, aes(x=Year, y=Counts,fill=Year)) +
   geom_bar(stat=\"identity\", width=0.5)+
   labs(y = \"Number of articles\",title=\"PubMed articles containing PAH-CHD\"
   ) + theme_bw() + scale_fill_manual(values = colorRampPalette(brewer.pal(10, \"Accent\"))(10)) +
   theme(legend.position=\"bottom\")

基本上我就是参考了

他的代码完成了这个操作，这里需要注意的是，由于他查找的内容比我的多很多，我这个输出94篇论文，他查找的是别的课题有40000多篇论文，所以可视化以后得到的图肯定是比我这个大很多，因此作图的参数不太一样，但是我暂时也用不着这个图做汇报，就没有更改具体参数。
使用这个RISmed包需要先安装ggplot2，RColorBrewer，ggsci,因为在可视化的过程中需要用到。
最后得到结果如下图所示

10年PAH-CHD

根据Rstudio的提示稍微更改一下参数，得到的图片就会相应的改变

library(ggsci) 
ggplot(data=count, aes(x=Year, y=Counts,fill=Year)) +   geom_bar(stat=\"identity\", width=0.5)+   labs(y = \"Number of articles\",title=\"PubMed articles containing PAH-CHD\"   ) + theme_bw() + scale_fill_manual(values = colorRampPalette(brewer.pal(10, \"Accent\"))(10)) +   theme(legend.position=\"bottom\") 

作者：程凉皮儿
链接：https://www.jianshu.com/p/acd90e28c2bb
来源：简书
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