利用RISmed包批量检索文献—科研工具箱

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 library(RISmed)
library(xlsx)
#限定下检索主题
pubmed_query<-function(gene){
search_topic <-paste(gene,\"[TI]\",\" AND (cancer[TI] OR tumor[TI])\", sep = \"\")
try({
search_query <- EUtilsSummary(search_topic,db=\"pubmed\", retmax=10000,datetype=\'pdat\', mindate=2000, maxdate=2020)
#查查看下检索内容
summary(search_query)
#看下这些文献的Id
QueryId(search_query)
#获取检索结果
records<- EUtilsGet(search_query) class(records) str(records)
##提取检索结果
pubmed_data <- data.frame(\'Title\'=ArticleTitle(records),
\'Year\'=YearAccepted(records),
\'journal\'=ISOAbbreviation(records))
head(pubmed_data,1)
pubmed_data[1:3,1]
write.xlsx(pubmed_data,\"pubmed.xlsx\",sheetName = gene,append = TRUE)
})
}
listgene<-data.frame(\"CUL4A\",\"RAB15\",\"FBLN5\",\"NIPA2\",\"SLC12A6\",\"ZSCAN29\",\"GCNT3\",\"LINC01587\",\"BNIP2\",\"BAHD1\",\"TLE3\",\"TSPAN3\",\"MESDC1\")
apply(listgene,2, pubmed_query)

结果将保存在目录下的Excel的不同sheets里

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