miRNA不同版本miRBase命名统一—科研工具箱

请关注公众号【叨客学习资料】 在使用网站的过程中有疑问,请来公众号进行反馈哦

在进行miRNA数据分析或者文献检索时,我们往往发现不同时期的同一个miRNA会有明明上的差异,如何进行统一标化,这里推荐一个R语言包“miRNAmeConverter”,还有另外一个功能更为强大的“miRBaseConverter”,详情大家可见官方说明。

这里以一个我用来转换miRNA表达矩阵中miRNAs名字的函数简要举个例子(仅做参考):

library(miRNAmeConverter)
nc = MiRNANameConverter()
transfor_miRNA<-function(ddd){
  ttt<-translateMiRNAName(nc, ddd$DATA)   # Translate miRNA names
  ttt<-ttt[c(2,3)] #提取转换好的列
  colnames(ttt)<-c(\"DATA\",\"v22\")
  hebin<-merge(ttt,ddd,by=\"DATA\")[,-1]  #将转换好的与原始的合并并删除原来的命名
  colnames(hebin)<-colnames(ddd)
  hebin<-rbind(ddd[1,],hebin)
  return(hebin)
}
© 版权声明
THE END
喜欢就支持一下吧
点赞0 分享
评论 抢沙发
头像
请输入有效评论哦,肆意灌水或者乱打评论是不会通过的,会影响您评论后获得资源哦~~
提交
头像

昵称

取消
昵称表情

    暂无评论内容