R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱

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图片[1]-R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱-叨客学习资料网

(PNAS,2016)

1
数据准备

原始数据来源于16年的这篇PNAS文章,这里用Excel计算得到“组内”(下表的2~4列)和“组间”(下表第5列)的平均相对丰度,前者决定三元图气泡的位置,后置决定气泡的大小,不同颜色的气泡表示富集到不同组的OTUs。

 

感兴趣的同学可以通过文献给出的链接下载原始数据

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2
绘制方法

#安装ggtern包

install.packages(\"ggtern\")

 

#加载ggtern包

library(\"ggtern\")

 

#读入数据,存到data变量中

data<-read.table(\"result.xls\",header = T,sep =\"t\",row.names =1)

 

#查看数据框data的前6行

head(data)
图片[3]-R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱-叨客学习资料网

 

#建立数据的映射关系,绘制三元图

p1<-ggtern(data=data,aes(x=Root,y=Soil,z=Rhizosphere))+

  geom_point(aes(size=ave_ra,color=enriched),alpha=0.8)

p1
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#手动设置点的颜色,“土壤”褐色,“根际”橙色,“根”绿色,未能显著富集到的为灰色

p2<-p1+scale_colour_manual(values = c(\"grey\",\"#f68b23\",\"#00a070\",\"#7e532f\"))

p2
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#尝试不同的主题,改变图例的位置

p3<-p2+theme_minimal()+

  theme_legend_position(x=\"topleft\")

p3

 

图片[6]-R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱-叨客学习资料网

 

p4<-p2+theme_bw()+

  theme_legend_position(x=\"tl\")

p4

 

图片[7]-R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱-叨客学习资料网

 

p5<-p2+theme_void()+theme(legend.position=c(0,1),

                          legend.justification=c(0,1))

p5
图片[8]-R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱-叨客学习资料网

 

#保存图表为pdf格式

ggsave(\"p5.pdf\",width =4.4,height =4,units =\"in\")

 

3
图片调整

图片导出为PDF格式后仍需要用Acrobat或Ai做些调整,最终的效果如下:

 

图片[9]-R语言绘制三元气泡(散点)图—科研工具箱-叨客学习资料网

 

 

参考文献

Zgadzaj R,Garrido-Oter R, Jensen D B, et al. Root nodule symbiosis in Lotus japonicusdrives the establishment of distinctive rhizosphere, root, and nodule bacterialcommunities[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016, 113(49):E7996-E8005.

Hamilton NE andFerry M (2018). “ggtern: Ternary Diagrams Using ggplot2.” Journal ofStatistical Software, Code Snippets, 87(3), pp. 1-17. doi:10.18637/jss.v087.c03 

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