免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱

请关注公众号【叨客学习资料】 在使用网站的过程中有疑问,请来公众号进行反馈哦

在R语言中运行Cibersort共需要三个文件,分别是(1)官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”;(2)自己的表达矩阵;(3)Cibersort代码。

(1)LM22.txt获取方法:

在Cibersort论文中(https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207)下载Supplementry table 1

图片[1]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

LM22.txt获取方法

删除Sheet 1 中表头,只保留矩阵部分。

图片[2]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

删除Sheet 1 中表头

得到如下矩阵,另存为制表符分割的txt(“LM22.txt”)

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1632820863(1).png

进哥提供了下载好的 LM22.txt

(2)自己的表达矩阵

第一列是基因名,第一行是样品名,不能有重复基因名,第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值,不要对表达量取Log2.

如果表达矩阵中基因不能完全覆盖LM22.txt中的基因,Cibersort同样可以正常运行,但不能少于LM22.txt中所需基因的一半。

表达矩阵保存为制表符分割的txt文本(“DATA.txt”)

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1632820952(1).png

表达矩阵示例

(3)Cibersort代码

在R中新建R Script,复制以下网址中代码,保存为“Cibersort.R”(进哥已提供,下载后修改后缀为.R)

https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R

(4)以上三个文件需保存在同一文件夹,运行Cibersort的代码如下:

setwd(\"三个文件的文件夹\")
source(\'Cibersort.R\')
result1 <- CIBERSORT(\'LM22.txt\',\'DATA.txt\', perm = 1000, QN = T)  #perm置换次数=1000,QN分位数归一化=TRUE

 

在同一文件夹下可以得到运算结果(”CIBERSORT-Results.txt”)

注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt,在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件,建议在每一次运算之后对文件重命名。


CIBERSORTx是CIBERSORT的进阶版,是Alizadeh和Newman实验室开发的网页分析工具,目前还没有可下载的R代码。它用于估算基因表达谱,并使用基因表达数据估算混合细胞群中免疫细胞的类型和丰度,在肿瘤数据处理中使用广泛。

网站:https://cibersortx.stanford.edu
看下tutorial

图片[5]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

ok,来整理我的mixture。

图片[6]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网
准备好了~22880genes*10samples

图片[7]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网
cibersortx计算细胞组分

我的数据是microarray,所以最后那个箭头不勾选。

图片[8]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网
结果

数据可下载txt/csv/..,图片是截图的。。没找到下载的地方。

© 版权声明
THE END
喜欢就支持一下吧
点赞0 分享
评论 抢沙发
头像
请输入有效评论哦,肆意灌水或者乱打评论是不会通过的,会影响您评论后获得资源哦~~
提交
头像

昵称

取消
昵称表情

    暂无评论内容