免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

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在R语言中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。

（1）LM22.txt获取方法：

在Cibersort论文中（https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207）下载Supplementry table 1

图片[1]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

LM22.txt获取方法

删除Sheet 1 中表头，只保留矩阵部分。

图片[2]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

删除Sheet 1 中表头

得到如下矩阵，另存为制表符分割的txt（“LM22.txt”）

$C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1632820863(1).png$

进哥提供了下载好的 LM22.txt

（2）自己的表达矩阵

第一列是基因名，第一行是样品名，不能有重复基因名，第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值，不要对表达量取Log2.

如果表达矩阵中基因不能完全覆盖LM22.txt中的基因，Cibersort同样可以正常运行，但不能少于LM22.txt中所需基因的一半。

表达矩阵保存为制表符分割的txt文本（“DATA.txt”）

$C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1632820952(1).png$

表达矩阵示例

（3）Cibersort代码

在R中新建R Script，复制以下网址中代码，保存为“Cibersort.R”（进哥已提供，下载后修改后缀为.R）

https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R

（4）以上三个文件需保存在同一文件夹，运行Cibersort的代码如下：

setwd(\"三个文件的文件夹\")
source(\'Cibersort.R\')
result1 <- CIBERSORT(\'LM22.txt\',\'DATA.txt\', perm = 1000, QN = T)  #perm置换次数=1000，QN分位数归一化=TRUE

在同一文件夹下可以得到运算结果（”CIBERSORT-Results.txt”）

注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件，建议在每一次运算之后对文件重命名。

CIBERSORTx是CIBERSORT的进阶版，是Alizadeh和Newman实验室开发的网页分析工具，目前还没有可下载的R代码。它用于估算基因表达谱，并使用基因表达数据估算混合细胞群中免疫细胞的类型和丰度，在肿瘤数据处理中使用广泛。

网站：https://cibersortx.stanford.edu
看下tutorial

图片[5]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网

ok，来整理我的mixture。

图片[6]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网 — 准备好了~22880genes*10samples

图片[7]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网 — cibersortx计算细胞组分

我的数据是microarray，所以最后那个箭头不勾选。

图片[8]-免疫浸润工具Cibersort和Cibersortx—科研工具箱-叨客学习资料网 — 结果

数据可下载txt/csv/..，图片是截图的。。没找到下载的地方。

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