Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱

请关注公众号【叨客学习资料】 在使用网站的过程中有疑问,请来公众号进行反馈哦
01 
角度测量

角度测量有专门的角度测量工具Angel Tool,不过利用直线工具也可以进行简单的角度测量。

1、选择File-Open Samples-Leaf,打开软件自带例图;

图片[1]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网
2、利用Angel Tool(角度工具)画出要测量的角度,比如下图的叶脉夹角,然后选择Analyze-Measure(快捷键Ctrl+M或者M),即可得到角度值;
图片[2]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

3、利用Straight Line(直线工具)画一条直线(下面的青色线条),然后选择Analyze-Measure(快捷键Ctrl+M或者M),也可以获得一个角度,这个角度是直线与X轴正半轴的夹角;

图片[3]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

 
02
粒径测量
 
Feret’s diameter(费雷特直径)是对不规则颗粒大小描述的常用参数。经过该颗粒的中心任意方向的直径称为一个费雷特直径。可以每隔10°方向取一个费雷特直径,一般用这36个费雷特直径一起描述一个颗粒,36个费雷特直径可以取平均费雷特直径、最大费雷特直径和最小费雷特直径;如果为了获得更精确的数据,旋转角度步长可以更小。
Image J里面,Feret表示最大费雷特直径,采用a double loop over the corner pixels算法进行计算;minFeret表示最小费雷特直径,采用0.5度步长旋转角度进行计算。
下面统计一些颗粒的粒径,前面4步具体见:Image J进行细胞和菌落计数:不能装逼的几个方法
1、File-Open Samples-Blobs,打开一张例图
2、Image-Type- 8-bit
3、Image-Adjust-Threshold,默认参数,Apply
4、Process-Binary-Watershed
5、Analyze-SetMeasurement,勾选Feret’s diameter
图片[4]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

6、Analyze-Analyze Particles,勾选如下;

图片[5]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

7Results(结果)里面可以看到粒径信息:Feret(最大费雷特直径)、FeretXFeretY是最大费雷特直径的左上角端点坐标,FeretAngle表示最大费雷特直径和X正半轴夹角,minFeret表示最小费雷特直径;可以自行计算最大和最小费雷特直径的几何平均值来表示粒径大小。

图片[6]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

03 
其他基础测量
其他基础测量是指ImageJ Set Measurements中所列的测量选项。在进行测量(Analyze-Measure)之前需要先勾选所需要测量的选项,最后结果才会有该项目。
选择Analyze-SetMeasurement

图片[7]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

图片[8]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

在《高分文献中的Western Blot定量柱状图是如何实现的?》一文中我们已经用过Area(面积)和IntergratedDensity(加和密度)测量了。剩下的都是一些基于选区的常规测量,把这些测量选项翻译如下,都比较好理解,顾名思义即可。
图片[9]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

图片[10]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

下面几个可能不太好理解,大概说一下。
  • LimitTo Threshold(限定到阈值)是指通过Threshold建立选区之后,进行的测量是否限定在选取之内,如果不勾选,测量的就是整个图片;
  • Display Label(显示图源标签)在涉及到多张图片测量的时候很有用,可以将每一个测量结果进行来源区分;
  • Add To Overlay(添加到Overlay),如果在选取测量之后,还需要进一步操作的时候可以勾选此项。
  • Redirect To(重定向)可以将同样的选区测量设置,应用到相同视野的下一张照片,无需再次建立选区。

图片[11]-Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量—科研工具箱-叨客学习资料网

© 版权声明
THE END
喜欢就支持一下吧
点赞0 分享
评论 抢沙发
头像
请输入有效评论哦,肆意灌水或者乱打评论是不会通过的,会影响您评论后获得资源哦~~
提交
头像

昵称

取消
昵称表情

    暂无评论内容