R语言和Cytoscape绘制漂亮的网络韦恩图—科研工具箱-叨客学习资料网

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今天进哥花了一个小时左右学会了一个新技能：网络韦恩图。现在我就把简要教程分享给大家，平时比较忙，整理的着实比较简洁，有问题欢迎沟通讨论。

（1）首先，按如下格式整理好所需绘制网络韦恩图的表格（就是我用VennDiagram R包绘制venn图的文件：本文所用数据下载链接Venn）：

library(readxl)

CT <- read_excel(\"E:/Venn.xlsx\",sheet=\"Down\")

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626765084(1).png

（2）使用R语言整理数据，当然不嫌麻烦也可以使用Excel整理成Cytoscape所需格式：

B2_R<-data.frame(CT$`2B VS 2B_R`)
names(B2_R)<-c(\"Symbol\")
B2_R[,2]<-\"2B_R\"

P53<-data.frame(CT$`2B VS P53`)
names(P53)<-c(\"Symbol\")
P53[,2]<-\"P53\"

P53_R<-data.frame(CT$`2B VS P53_R`) 
names(P53_R)<-c(\"Symbol\")
P53_R[,2]<-\"P53_R\" 


all1<-rbind(rbind(B2_R,P53),P53_R) 
write.csv(all1,\"I:/down.csv\",row.names = F)

此时得到第一个绘图文件，Excel打开删除第一列（或者在R语言保存时不导出rowname）

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626763356(1).png

（3）继续保存为另一个格式，为后续绘图准备

all2<-merge(merge(B2_R,P53,by=\"Symbol\",all = T),P53_R,by=\"Symbol\",all = T) 
write.csv(all2,\"I:/down_Group2.csv\")

Excel打开将表格中NA全部删除（替换功能），得到如下表格：

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626763261(1).png

使用Excel函数连接三个单元格C2&D2&E2，全部填充：

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626763289(1).png

将新生成的这一列复制粘贴为数值，然后删除原来的三列，保存：

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626763330(1).png

（4）然后就将上述生成的文件导入Cytoscape：

首先导入网络图文件（上述down.csv）：

图片[6]-R语言和Cytoscape绘制漂亮的网络韦恩图—科研工具箱-叨客学习资料网

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626766132.png

然后导入其余注释文件（上述down_group.csv以及另外一个文件Sample_type.txt）：

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626765857(1).png

图片[9]-R语言和Cytoscape绘制漂亮的网络韦恩图—科研工具箱-叨客学习资料网

（4）接下来，选择layout-Group attribute layout-Group：

图片[10]-R语言和Cytoscape绘制漂亮的网络韦恩图—科研工具箱-叨客学习资料网

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626766208(1).png

（5）然后按照自己的要求拖拽，修改颜色（Ctrl+鼠标左键多选）：

C:\Users\JinWa\AppData\Local\Temp\1626764921(1).png

教程比较简洁，主要用于本人方法整理总结，如有问题欢迎留言讨论。

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