Image J脚本批量定量免疫组化图片—科研工具箱

记一次使用image J批量定量IHC图片的经验

//Analyze Average Density (Average Optical Density，AOD) values IHC Images
dir=getDirectory(\"Select the source directory\");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);

for(i=0;i<list.length;i++){
	filename=dir+list[i];
	if(endsWith(filename,\"jpg\")){
		open(filename);
		run(\"8-bit\");
		run(\"Calibrate...\", \"function=[Uncalibrated OD] unit=[Gray Value] text1=[165.76 153.57 ] text2=\"); 
		setThreshold(0, 220, \"raw\");	//设置Threshold选出所有包含细胞的区域
		//run(\"Threshold...\");
		run(\"Measure\");  
		run(\"Close\");	//关闭图片窗口
	}
}

将上述代码保存为txt。

选择上述保存的脚本

选择含有IHC图片的文件夹；

程序将自动运行计算文件夹下所有图片的Area和IntDen值。

保存结果，计算AOD：

详细原理参见以下文章：