绘制网络图,你需要gephi—科研工具箱

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除了cytoscape,还有另一款广泛用于关系网络绘制的软件,它的名字是gephi。本文将通过一个实例向大家介绍如何利用gephi绘制网络图。

Gephi下载及安装

下载

首先,获取gephi,可到官网https://gephi.org/直接下载。

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Gephi安装要求

① gephi是一个可多平台使用的绘图软件,能在Windows,OS,Linux上使用,它是基于java开发的,所以安装gephi之前,你的电脑需要安装7.0以上的java版本;

② 硬件要求500 MHz CPU + 128 MB RAM + OpenGL 1.2,并且随网络图的大小对内存的要求有所不同。

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Gephi特点

① 得益于内置的OpenGL引擎支持,使用者利用Gephi能够对大型的图片进行交互的和有效的操作。

可视化网络多达一百万个元素。所有操作(例如布局,过滤器,拖动)都会实时运行。具有大量的图形控制工具。

② 简单易于安装和使用。

以可视化为中心的UI,像Photoshop的图形处理一样。

③ 支持模块化扩展Gephi及插件开发。

该架构构建在Netbeans平台之上,可以通过精心编写的API轻松扩展或重用。

Gephi操作

1

导入文件

Gephi支持多种数据类型的导入,今天的例子介绍的是常用的csv类型。

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在Data Laboratory 选择Import Spreadsheet,设置好要输入的文件位置后,选择是点文件nodes table 还是边文件edges table,然后点击next。

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下一步,设置输入文件各列的数据格式,设置好之后点击finish即可完成点文件的输入,同样的方法可以导入边文件。

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值得注意的是,点文件和边文件有几列需要固定格式和名称。点文件的第一列是点的ID,否则会自动设置为1,2,3…;第二列是Label,即在图中显示的点标签名,这两列的数据类型自动设置为字符串(string)。边文件的前两列为Source和Target,即边连线的两端点。

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2

得到初步图形

数据导入之后,切换到Overview界面,可以看到下面的图形。

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是不是密集恐惧症要犯了?别怕,盛世美图是要一步一步练就出来的,请务必撑到最后!

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小锐

右侧的context部分统计了点和边的数量。

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3

美化网络图

点的颜色

左侧Appearance对点和边进行设置。下面是根据点文件中的class列对点进行分组,根据不同的分组设置颜色,palette可选择不同的颜色设置方案,点击apply应用该设置。

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点的大小

同样,根据边文件中的log列设置点的大小,点击apply应用该设置。

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边的颜色

根据边文件中的连续变量设置有颜色梯度的边,或者根据离散型变量设置离散的边颜色。

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布局

经过边和点的设置之后,图形已经好看了不少,但是仍然是散乱的一团。Gephi中提供了多种网络图的布局算法,通过设置可以使点和边的排列更有规律也更能反映网络图内部的一些规律。

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哇塞~系不系敲美的~

除了可视化网络关系,gephi还可以对各种图形指数进行统计计算,点击右侧statistics可以看到许多指数,点击run即可获得你想要的指数结果。

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4

导出

最后,就是将我们完成的图片进行导出。点击切换到preview界面,在此界面依然可以对图形进行设置,包括是否显示点标签、标签字体及大小、是否显示边、颜色及弯曲度等等,设置好之后点击refresh进行图形更新,点击export导出图形。

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