各种实验图像的定量方法—科研工具箱

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划痕实验

使用imageJ插件:Wound Healing Tool

下载地址

http://dev.mri.cnrs.fr/attachments/download/1992/MRI_Wound_Healing_Tool.ijm

安装方法

上述文件放到imageJ文件夹中macros/toolsets下,重启imagej。

使用方法

图片[1]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

点最右边的双箭头

图片[2]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

得到这样

图片[3]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

打开一个图片,左键点击m可以直接测量,右键点击m可以打开参数设置

图片[4]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网
图片[5]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

结果如下

图片[6]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

点击对应区域的编号,记录面积就可以了(本图是2号)。

migration

参考资料:http://www.sohu.com/a/240069404_650214

定量过程

打开一张图片
如图所示,image-type-8-bit

图片[7]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

image-adjust-threshold调整阈值,细胞黑色为选择上,网孔可以有一点,后面可以筛掉,点击Apply。

图片[8]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

分割连在一起的细胞

图片[9]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

计数

图片[10]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

这里的参数调一下

图片[11]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

结果如下:

图片[12]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

血管生成

使用工具

Angiogenesis Analyzer
http://image.bio.methods.free.fr/ImageJ/?Angiogenesis-Analyzer-for-ImageJ#outil_sommaire_0
下载地址
http://rsb.info.nih.gov/ij/macros/toolsets/Angiogenesis%20Analyzer.txt

安装方法

将插件下载到imagej的文件夹下/macros/toolset中,重启imagej。

定量过程

打开一张图片,打开Angiogenesis Analyzer

图片[13]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

直接定量

图片[14]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

更改参数

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CD31血管定量

定量过程

打开一张图片
image->Color->Split Channels

图片[16]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

得到如下三张图(红绿蓝三个通道)

图片[17]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

此图CD31染的红色,保留红色通道即可。
然后image->Adjust->Threshold,勾上Dark background,调整到合适的阈值,点Apply

图片[18]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

Analyze->Set Measurements,勾上以下选项

图片[19]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网

Analyze->Measure即可。
计算完后的结果:

图片[20]-各种实验图像的定量方法—科研工具箱-叨客学习资料网
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