lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱

请关注公众号【叨客学习资料】 在使用网站的过程中有疑问,请来公众号进行反馈哦

锚点拿到差异表达mRNA和lncRNA,很高兴,表达量有上调也有下调的,lncRNA↑↓,mRNA↑↓,上调的lncRNA比较好做表型实验,大家比较喜欢,然后呢?

图片[2]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

在逻辑上到底lncRNA该如何与mRNA的调控联系在一起呢?mRNA和lncRNA谁是上游呢?LncRNA是直接还是间接地调控了mRNA的表达呢?ceRNA已经被玩坏了,除了ceRNA还有其他选择吗?

今天师兄就介绍几种上调的lncRNA调控下游mRNA的分子机制。

(1)lncRNA↑→DNA甲基化↑→mRNA↓

这种模式常见于lncRNA和甲基化转移酶家族(DNMT1、3等)结合,将甲基化转移酶定位到基因的启动子区(CpG岛等),在胞嘧啶C上面添加甲基(-CH3),起到抑制基因转录的作用。

图片[3]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

期刊:Nucleic Acids Research

分数:10分

研究方向:间充质干细胞老化

研究技术:ChIRP-seq、ChIP、RIP等

分子机制:HOTAIR是个明星分子,结合PRC2和LSD1复合物调控组蛋白甲基化水平调控染色质的开放程度。这篇文章作者发现老化基因低表达的间充质干细胞中HOTAIR高表达,而且别人乳腺癌的ChIRP-seq数据中HOTAIR高度出现在老化基因的启动子区,生信分析模拟结合预测后,做EMSA实验体外证明lncRNA和相关基因的启动子区DNA结合。

(2)lncRNA↑→→mRNA↑

这种常见于反义的lncRNA结合mRNA,保护其不受RNase或者miRNA的降解调控。

图片[4]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

期刊:NATURE CELL BIOLOGY

分数:20分

研究方向:肝细胞癌

研究技术:RNA-pulldown、RNA-seq

分子机制:这篇文章大家一定不陌生,我们之前讲过,来自于孙树汉教授,孙教授是国内做肝癌和lncRNA研究的大牛之一。

文章涉及剪接因子MBNL3在肝癌中调控着lncRNAPXN-AS1产生两个转录本PXN-AS1-L(large)和PXN-AS1-S(small),而L比S多了一段序列Exon 4,正因为多了一个Exon4序列,其与癌基因的PXN mRNA的3’UTR区结合,而miRNA-24正好结合在这个区域,就导致miRNA-24对PXN mRNA的降解减少,起到了保护PXN mRNA的作用。

图片[5]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

相同机制其他文章:

·      ICAM-1-Related Noncoding RNA in Cancer Stem Cells Maintains ICAM-1Expression in Hepatocellular Carcinoma.Clinical Cancer Research,2016

(3)LncRNA↑→pre-miRNA↓↑→mRNA↑↓

①第一种模式,lncRNA除了能吸附miRNA靶向调控下游mRNA,亦可以通过调控miRNA的前体转录本的水平。

图片[6]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

期刊:GASTROENTEROLOGY

分数:18分

研究方向:肠道细胞更新

研究技术:RNA-pulldown、RNA-seq等

分子机制:作者聚焦于高度保守的lncRNAs,序列保守性代表功能进化上的重要性,作者筛选到21个序列保守的lncRNA,包括uc.173,其早几年被发现在肠道上皮细胞增殖中发挥重要功能,但是其作用机制不清楚。作者通过RNA-pulldown发现了uc.173诸多互作的RNA,促进了pre-miR-195的降解,促进了肠道粘膜细胞的更新增殖。

②第二种,当然lncRNA也可以促进pri-miRNA的剪切的,抑制靶基因mRNA的表达水平,例如这篇文章。

图片[7]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

③第三种模式,lncRNA直接作为miRNA的前体,被剪切后生成miRNA,所以测序或者芯片的结果中lncRNA和miRNA的表达相关性一定是正相关,而靶标mRNA是负相关表达。

图片[8]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

(4)LncRNA↑→转录因子、组蛋白等↑↓→mRNA↑↓

这种模式常见于lncRNA结合转录因子,定位于基因的启动子区,促进基因的转录;或者lncRNA介导组蛋白的甲基化修饰,例如知名的HOTAIR。

图片[9]-lncRNA调控下游mRNA该怎么找思路?—科研工具箱-叨客学习资料网

期刊:Molecular Cancer

分数:6分

研究方向:胃癌转移

研究技术:ChIRP-seq、ChIP、RIP等

分子机制:作者发现胃癌转移的细胞中HOXA11-AS的表达量很高,ChIP、RIP实验发现HOXA11-AS结合WDR5蛋白,而WDR5结合于β-catenin的启动子区,促进其转录,Wnt信号通路上调激活,而敲减了HOXA11-AS之后,WDR5的结合降低。

但还发现原来该lncRNA还可以结合EZH2(PRC2蛋白复合物),调控抑癌基因p21的转录。

© 版权声明
THE END
喜欢就支持一下吧
点赞0 分享
评论 抢沙发
头像
请输入有效评论哦,肆意灌水或者乱打评论是不会通过的,会影响您评论后获得资源哦~~
提交
头像

昵称

取消
昵称表情

    暂无评论内容