最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱

请关注公众号【叨客学习资料】 在使用网站的过程中有疑问,请来公众号进行反馈哦
图片[1]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

NCBI在线引物设计

1、寻找基因序列
PubMed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
以human p53为例进行引物设计。

图片[2]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

①选择核苷酸
②输入基因+物种+mRNA
③搜索

图片[3]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

④单击选择 mRNA。

图片[4]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

⑤单击进入,此条目为我们所寻找的p53 human mRNA。

图片[5]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

⑥单击选择FASTA序列格式。

图片[6]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

⑦单击选择“pick primers”即可跳转到Primer-BLAST页面。

2、参数设置

图片[7]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

①选择PCR模板区。
②输入FASTA格式的序列或Accession Number,或者点击“选择文件”载入。
③可设置正向引物和反向引物的起始和终止位置。
④选择引物参数区。
⑤若你自己设计好了引物,可在此输入引物验证引物好坏。
⑥可输入PCR产物的大小和Tm值参数。

图片[8]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

⑦内含子/外显子选择区
框内可选择引物设计是否跨越内含子。

图片[9]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

⑧引物特异性验证区

六种数据库可供选择,推荐使用“Refseq representative genomes”数据库,用户也可使用自己的序列作为搜索数据库。

3、引物序列输出

图片[10]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

引物的可视化结果,可以显示所有引物的起始和终止位置,基因的CDS区,外显子的位置等。

Self complementarity值越小越好。

图片[11]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

根据引物设计原则选择最佳引物序列,示例中的最佳引物序列为Primer pair 3,把引物复制下来发给引物合成公司合成即可。

图片[1]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

Primer Bank

1、ID查询

以human p53为例进行引物设计,p53在human中的基因名为TP53,进入网站后,点击选择基因,输入基因+物种,最后点击搜索

PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

图片[13]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

如何寻找的TP53基因,以下图为例:

图片[14]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

用PrimerBank设计引物不仅可以用基因信息搜索,同样可以通过mRNA和蛋白搜索,只需利用NCBI找到对应的ID输入即可。

图片[15]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[16]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网
2、基因信息输入

进入PrimerBank网站后,选择数据库类型、物种,输入Gene ID,最后点击提交。

PrimerBank:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

图片[17]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网
3、引物序列输出

最后输出确认基因信息,然后选择多对引物供。

图片[18]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

图片[1]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

NCBI查询已经公布的引物序列

一、mRNA引物序列查找

步骤都在图上,这里就不做多的说明啦~

图片[20]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[21]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[22]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[23]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[24]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

二、LncRNA引物序列查找

图片[25]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[26]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网图片[27]-最实用的NCBI和PrimerBank在线引物设计窍门!—科研工具箱-叨客学习资料网

© 版权声明
THE END
喜欢就支持一下吧
点赞0 分享
评论 抢沙发
头像
请输入有效评论哦,肆意灌水或者乱打评论是不会通过的,会影响您评论后获得资源哦~~
提交
头像

昵称

取消
昵称表情

    暂无评论内容