预测与可视化转录因子结合位点的在线工具—科研工具箱

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转录因子预测与结合位点目前也是主要的机制研究类的着力点。具有非常高效的切入点和实用性。面对心仪的基因,除了往下游挖掘外,往上游做一做转录因子等方面的研究,不仅可以丰富机制研究的深度和维度,还能提高整篇文章的水平。
 
转录因子,教材称之为反式作用因子。简单的说,是负责调控基因表达的关键环节。相应的研究主题也是目前热点之一。生信的崛起使得转录因子结合位点的预测算法等迅速获得的巨大的推动。

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接下来,这篇文章就介绍一个免费的在线预测转录因子结合位点的工具ConTra V3 http://bioit2.irc.ugent.be/contra/v3/#/step/1
 
ConTra V3是一款集合了可视化分析和结合位点预测的综合型在线数据分析平台。不仅可以用公共数据源,还能接受个体化数据上传分析。目前已经更新到第三版。

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从相应发表的文章和研究机构可以看出这个在线工具背景实力还是非常雄厚的。

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在最新版的ConTra V3中,主要提供两种分析。可视化可以让研究者识别特定的转录因子识别位点与指定基因的关联。而挖掘分析则可以帮助研究者对只知道指定基因而尚未有明确的转录因子时使用。
 
在这种分析模式下,ConTra V3可以根据指定的结合概率排序,列举出所有可能的结合转录因子。具体的算法综合了结合位点的数量等多因素,在这里就不赘述。目前可供分析的种类不仅包括Homo sapiens, 还包括大小鼠等一系列研究对象。
 
第一步,确定分析类型,种属,指定的基因名,以及其他一些附带分析需求。这里选择的是可视化。

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第二步,确定需要使用的转录类型。

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第三步,选择具体需要分析的序列位置,比如PromoterUTR5等。

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第四步,选择指定的转录因子。

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第五步,提交分析。由于数据量处理可能会比较巨大,会在线展示进度耗时,并提醒你收藏此页。或者在第一步登记好自己的邮箱,结果分析出来后会邮件通知。

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除此之外,类似的转录因子预测工具还有JASPARhttp://jaspar.genereg.net/

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JASPAR对转录因子结合位点的预测也是非常经典常用。可用种属也比较多。

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转录因子相关研究值得引起重视。尤其是当各路生信大佬都已经把相关预测的“车轮子”造好的时候。赶紧来试试吧。
 
 

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