TSGene:肿瘤抑癌基因数据库—科研工具箱

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 转自 生信修炼手册

抑癌基因tumor suppressor gene,简称TSG,是一类存在于正常细胞内,可以抑制细胞生长并且具有潜在抑癌作用的基因。TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库,文章发表在Nucleic Acids Research,链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154

数据库的网址如下

https://bioinfo.uth.edu/TSGene/

最新版本为v2.0版本,共收录了1217个human TSGs, 其中包含1018个蛋白编码基因和199个lncRNA,同时对这些基因进行了多种注释,包括表达量,突变位点,蛋白相互作用等注释信息。数据库中收录的抑癌基因均可下载。

通过官网的Query菜单,可以检索基因的详细信息,以BRCA1为例,结果如下

1. General information

包含了基因名称,染色体位置,对应的pathway与疾病,序列等信息,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_1_20191224015601347_wm?Expires=1644843046&Signature=NbgPi1qFgylxT3jmjLpTju91El0%3D&domain=109

2. Literature

展示了该基因相关的文献和摘要信息,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_2_20191224015601613_wm?Expires=1644843046&Signature=Qbw%2B4UjClrWMSSC2UgSyGDqF%2BgI%3D&domain=109

3. Expression

展示该基因在不同肿瘤的正常和患病样本的表达量信息,以及差异分析的结果,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_3_20191224015601972_wm?Expires=1644843046&Signature=MtSB8TOMNJaayCP7fj3CUCWdr8M%3D&domain=109

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_4_20191224015602300_wm?Expires=1644843046&Signature=2WCpycUdlYvTDdM2%2FMMD3xhCm6c%3D&domain=109

4. Regulation

包含了以下四种调控信息

  1. miRNA与该基因的调控关系
  2. 转录因子与该基因的调控关系
  3. 该基因的转录后修饰
  4. 该基因的甲基化表达谱

利用miRTarBase数据库中的miRNA靶基因信息,提供了如下所示的miRNA调控网络,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_5_20191224015602519_wm?Expires=1644843046&Signature=AqB%2B%2FYooKC4I3ynqms6XixGNMcE%3D&domain=109

利用TransFac数据库提供了调控该基因的转录因子信息,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_6_20191224015602957_wm?Expires=1644843046&Signature=I2D23Ix%2FgZ%2FcTaipV8kBZLqqLSM%3D&domain=109

利用Uniprot数据库提供了该基因的转录后修饰信息,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_7_2019122401560382_wm?Expires=1644843046&Signature=lh%2Biuo7OZC29Y7zEL6OOFtD6enc%3D&domain=109

利用DiseaseMeth数据库提供了该基因上的甲基化位点表达谱信息,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_8_20191224015603269_wm?Expires=1644843046&Signature=QQgyF%2FxPlSrMdqxOHcExLpO8bMA%3D&domain=109

5. Variant

利用COSMIC数据库,提供了该基因上的体细胞突变和CNV位点信息,体细胞突变的结果示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_9_20191224015603394_wm?Expires=1644843046&Signature=%2Fo0nUqkHG4GlHjv4%2FEjblMOLa%2Fw%3D&domain=109

6. Interaction

提供了基因的相互作用信息,其相互作用来源于多个数据库,示意如下

http://imgi101i120.360doc.com/DownloadImg/2019/12/2413/178725518_10_20191224015603597_wm?Expires=1644843046&Signature=yYKn33L%2FHwGF3cUFVmN80OevpxY%3D&domain=109

数据库中的信息是免费下载的,这个数据库和ONGene数据库正好互补,对于肿瘤研究而言,这两个数据库都非常值得参考。

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