个性化调整GSEAplot—科研工具箱

我们经常使用Y叔的clusterprofiler包进行GSEA分析，之后使用gseaplot或enrichplot::gseaplot2来可视化结果。这两个函数中可以调整的参数较少，因此我们希望把图导出为ggplot对象，然后用ggplot2包重新对其进行调整。
enrichplot::gseaplot2最后产生的对象是使用plot_grid按列组合形成的图，我们需要组合前的图形对象，因此需要对该函数小做调整。

my_gseaplot2<-function (x, geneSetID, title = \"\", color = \"green\", base_size = 11, 
    rel_heights = c(1.5, 0.5, 1), subplots = 1:3, pvalue_table = FALSE, 
    ES_geom = \"line\") 
{
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中间代码
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#plot_grid(plotlist = plotlist, ncol = 1, align = \"v\", rel_heights = rel_heights)
#修改为
return(plotlist)
}

#在这最后，需要将自定义函数的环境修改为原函数的环境，不然会报错
environment(my_gseaplot2)=environment(gseaplot2)

当然，除了自定义函数，我们也可以通过调整subplots参数，逐一输出ggplot对象来达到目的。

expr_DEG_limma_GSEA_go%>%gseaplot2(.,expr_DEG_limma_GSEA_go@result$ID,subplots = 1) ->up_plot
expr_DEG_limma_GSEA_go%>%gseaplot2(.,expr_DEG_limma_GSEA_go@result$ID,subplots = 2) ->mid_plot
expr_DEG_limma_GSEA_go%>%gseaplot2(.,expr_DEG_limma_GSEA_go@result$ID,subplots = 3) ->bottom_plot

都是ggplot图形，分别修改后再拼图即可